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　厚生労働と内閣、国土交通、復興の１府２省１庁に計上する２０２１年度の水道施設整備費関係予算案は、前年度比１４.１％減の４１２億１０００万円となった。内訳は公共事業費１６８億円、非公共事業費が２２７億円。水道施設の耐災害性強化に向けた施設整備として３９０億円を計上した２０年度第３次補正予算案を含めた「１５カ月予算」では、８０２億１０００万円を確保した。

　エネルギー対策特別会計を活用する厚労、国交両省の連携事業である「上下水道・ダム施設の省ＣＯ2改修支援事業」は、環境省が６０億円を計上した「建築物などの脱炭素化・レジリエンス強化促進事業」の内数となる。支援事業では、上下水道・ダム施設での小水力発電設備などの再生可能エネルギー設備、高効率設備やインバーターの省エネルギー設備などの導入・改修を支援する。

　府省庁別の計上額は、厚労省が２９４億円、沖縄分を計上する内閣府が３３億円。復興庁には、東日本大震災被災３県の水道施設復旧費の１３億円を東日本大震災復興特別会計として一括計上した。国交省の計上は６６億円で、内訳は北海道分が２６億円、離島・奄美分が４億円、水資源機構分は３６億円となっている。

　災害復旧費と復興特会分を除いた水道施設整備費は、「１５カ月予算」で７８５億円となり、公共事業費が２５８億円、非公共事業費は５２７億円となった。

　ダムなどの水道資源開発、高度浄水施設の整備、簡易水道の施設整備に充てる水道施設整備費補助は１６７億４９００万円を計上。水道施設と保健衛生施設などの耐震化、水道事業の広域化、水道事業体の運営基盤強化、ＩｏＴ（モノのインターネット）を活用した付加価値の高い水道施設整備などに必要な経費を支援する生活基盤施設耐震化など交付金には、２２７億０４００万円を配分した。補助金と交付金の補助・交付率は、補助・交付の基準となる「資本単価」によって２分の１、１０分の４、３分の１、４分の１などとなる。

　復興特会には８３.８％減の１３億１４００万円を計上し、東日本大震災で被災した自治体水道施設の復旧経費を支援する。災害復旧費は３億５６００万円を見込んだ。

　水道施設整備事業調査費は８事業を実施するため３０００万円を計上。８事業のうち、新規に着手するのは、「中小水道事業者への支援に関する検討調査」で４３０万円を充てる。中小水道事業者の現状や課題、ニーズを把握するとともに、経営基盤強化の先行事例も集めて分析し、課題解決につながるスキームを整理するなど、支援のあり方を検討する。また、規模に関係なく事業者への指導・監督手法の検討も実施する。

　生活基盤施設耐震化など交付金の制度改正も実施する。同交付金のうち、水道管路緊急改善事業の交付対象にポリエチレン管を追加する。また、敷設後２０年を経過した水道事業の海底送水管の更新を、管種に関係なく支援するメニューとして創設する。２５年度までに事業計画が採択されたものに限る５年間の措置となる。

　このほか、ＩｏＴ活用推進モデル事業で、簡易水道事業を新たに交付対象とする。市町村域を超え、３事業以上が支援対象の広域化事業は、半島離島地域など地理的条件が厳しい地域で２事業以上の広域化に要件を緩和する。